U Republici Hrvatskoj SKC je započela svoj rad preko Milana Reichinga iz Zagreba. On je 1929. godine u Huisenu (Nizozemska) posvećen za svećenika od biskupa J.I. Wedgwooda, i tako postao prvi svećenik za Hrvatsku, a tada i za Jugoslaviju. Devetnaest godina kasnije (11. travnja 1948. godine) posvećen je u Zagrebu za biskupa, a 1955. postaje regionalnim biskupom za Istočnu Europu. U svom revnom služenju biskup Reiching posvetio je nekoliko biskupa i desetke svećenika u Hrvatskoj i inozemstvu.

U Kapelici Svetog Arkanđela Mihaela u Zagrebu, najprije u Mesničkoj ulici, a kasnije, od 2008. godine, u Ulici Pavla Hatza 13, redovito se održavaju službe Božje od 1. siječnja 1954. godine sve do danas.

Slobodna Katolička Crkva je registrirana vjerska zajednica u Republici Hrvatskoj, te kao takva djeluje sukladno svim pozitivnim propisima o vjerskim zajednicama. Za svoje djelovanje, Crkva ne prima financijska sredstva iz Državnog proračuna, nego se financira isključivo dobrovoljnim donacijama vjernika, koji nisu obvezni davati “desetine”. Također, u svom djelovanju, Slobodna Katolička Crkva ne “naplaćuje” usluge davanja sakramenata (npr. definirane iznose (lukno) za krštenja, krizme, vjenčanja, pogrebe i sl.), smatrajući da je riječ o temeljnom poslanju Crkve, koje nije naplativo. Bez obzira na to, vjernici, ako to žele, za navedeno mogu doprinijeti milodarom, koji nije obvezan.

Sve osobe, koje pristupaju našim službama sa poštovanjem, bilo da su članovi Crkve ili ne, su dobrodošle. Prema vjernicima, kao i prema ostalim osobama koje posjećuju naše službe ili traže naše usluge, sukladno obrednim i sakramentalnim ovlastima, Crkva ne postavlja nikakve zahtjeve, u bilo kojem pogledu.